يتكون الهيكل الإدارى لأمانة الشؤون العلمية من  إدارتين  وثلاثة  أقسام، على رأس  كل  إدارة  مدير  مسئول  لدى أمين  الشؤون العلمية، وعلى رأس كل قسم مساعد  لأمين الشؤون العلمية

تكون للأمانة المهام والاختصاصات الاتية :
1- تنظيم أعمال مجلس الاساتذة وأى لجان منبثقة عنه ،و متابعة تنفيذ توصياتها وقراراتها
2- الإشراف على أعمال لجنة ترقيات أعضاء هيئة التدريس
3- ضبط اللوائح الأكاديمية ونشرها ومتابعة تنفيذها
4- الإشراف على قبول الطلاب وتسجيلهم بالتنسيق مع الإدارة العامة للقبول بوزارة التعليم العالى والبحث العلمى
5- الإشراف على الدورات التدريبية لأعضاء هيئة التدريس والتدريب بعد الدكتوراة
6- إعداد ونشر دليل الجامعة سنويا
7- حفظ وثائق الأمتحانات واستخراج الشهادات الجامعية وتوثيقها
8- الإشراف على إعداد إحتفالات توزيع الدرجات العلمية والفخرية وتنفيذها بالتعاون مع المجمعات .
9- الإشراف على تعيين مساعدى التدريس .
10- الإشراف على تأهيل مساعدى التدريس والمحاضرين وتدريبهم .
11- رصد العبء التدريسى للأقسام المختلفة وتحديده .
12- الإشراف على النشر الإلكترونى بالجامعة بالتنسيق مع إدارة تقانة وشبكة المعلومات .
13- الإشراف على الامتحانات وتحديد متطلباتها على مستوى الجامعه .

فى 21/9/1996م أصدر مدير جامعة الخرطوم القرار الإدارى رقم (24) بإنشاء إدارة القبول والتسجيل. فى يوليو 1997م أجاز مجلس الأساتذة التشكيل الجديد للجنة القبول والتسجيل برئاسة مدير الجامعة ونائبه والوكيل وجميع عمداء الكليات على ان يعمل أمين الشؤون العلمية مقررا لها وتختص هذه اللجنة بالآتى:-

• تحديد الأعداد المخططة للقبول فى كليات الجامعة المختلفة

• إجازة التقويم الدراسى

• تصميم السياسات واللوائح المنظمة لعمليات القبول بأنواعه المتعددة والتحويل والتسجيل والتجميد.

·        فى:29/9/1997م عقدت لجنة القبول والتسجيل اجتماعها الآول وشكلت لجنة تنفيذية برئاسة نائب المدير وعضوية أمين الشؤون العلمية وبعض الكليات على أن يعمل مدير إدارة القبول والتسجيل مقررا  للجنة التنفيذية للقبول والتسجيل ، وتختص هذه اللجنة بالآتى:-

1.     قبول الطلاب الوافدين على النفقة الخاصة

2.     القبول بعد السنة الأولى بالتحويل من الجامعات الأخرى الى جامعة الخرطوم

3.     النظر فى طلبات التحويل والإنتقال من كلية الى أخرى أو من قسم إلى آخر.

4.     قبول الناضجين وتجسير المستوفين من حملة الدبلومات.

5.     الإشراف على جميع إجراءات التسجيل.

6.     النظر فى طلبات التجميد والإستقالات.

7.     رفع التوصيات الى لجنة القبول والتسجيل فى كل ما يتعلق بسياسات ولوائح وضوابط القبول والتسجيل والتحويل.

ثانيا:- مهام إدارة القبول والتسجيل واختصاصاتها
إدارة القبول والتسجيل هى الذراع التنفيذى للجنة القبول والتسجيل وتضم الأقسام التالية:-
(أ)  قسم القبول
1- إستلام قوائم واستمارات طلاب الصف الأول للقبول العام ( شهادة سودانية وعربية / أسر شهداء / قبول ولائى / منح ) وقوائم واستمارات القبول الخاص ( خاص كامل / أبناء عاملين / مجاهدين ودبابين) بالاضافة لقوائم وإستمارات طلاب الدبلوم التقنى.
2- تصوير القوائم والإستمارات وإرسالها للكليات والخدمات الطبية والصحية وكلية الدراسات
التقنية والتنموية وعمادة شؤون الطلاب.
3- المراجعة الدقيقة لأسماء ونوع القبول والرقم الجامعى لمن سجل ومن لم يسجل من طلاب
الصف الأول (بكالوريوس ودبلوم) وإرسال القوائم للإدارة العامة للقبول بوزارة التعليم العالى.
4- القبول المباشر للطلاب غير السودانين على النفقة الخاصة وإستحداث الآليات المناسبة للترويج للبرامج الدراسية.
5- القبول المباشر لطلاب الدبلومات
6- القبول المباشر لبرامج الدراسة عن بعد.
7- القبول المباشر للناضجين
8-  تنفيذ إجراءات الترشيح لأبناء العاملين بجامعة الخرطوم على النفقة الخاصة.
9-  تبادل المنح مع جامعة الأحفاد وفقا للإتفاقية الثنائية بين الجامعتين.
(ب)  قسم التحويل
1-  تحويل الطلاب من جامعة أخرى الى جامعة الخرطوم وفقا للائحة القبول بعد السنة الأولى.
2-  تحويل الطلاب من كلية أو قسم بداخل جامعة الخرطوم الى كلية أو قسم آخر بجامعة الخرطوم وذلك وفقا للائحة التحويل المتضمنة لمداخل أربعة.
-       التحويل من النسبة المئوية الأعلى فى الشهادة الثانوية للنسبة المئوية الأقل
-       التحويل لآسباب مرضية
-       التحويل على النفقة الخاصة
-       التحويل بالتميز من كلية لاخرى أو من قسم لآخر (ضوابط التحويل بالتميز)
3-   التحويل من دبلوم لآخر (داخل الجامعة أو خارجها ) وفقا للائحة التحويل لطلاب الدبلوم وكذلك التحويل لبرنامج الدراسة عن بعد بالتنسيق مع كلية الدراسات التقنية والتنموية.
4-   التجسير لحملة الدبلومات وفقا للائحة التجسير.
(ج)  قسم التسجيل
1-  صياغة مقترح التقويم الدراسى وتقديمه للجنة القبول والتسجيل
2-  تصميم وطباعة وتوزيع دفاتر التسجيل لجميع الكليات وتعميم ونشر مرشد التسجيل وخطواته لجميع الطلاب.
3- الرصد اليومى لموقف التسجيل وتقديم المقترحات بشأن تمديد مواقيت التسجيل.
4-  تنفيذ العقوبات بشأن المتقاعسين عن التسجيل وفقا لنصوص لائحة التسجيل.
5- تكملة إجراءات التجميد والإستقالات لطلاب البكالوريوس والدبلوم وفقا للائحتى التجميد والإستقالات.
6- تنفيذ القرارات الصادرة بخصوص التسجيل من لجنة القبول والتسجيل واللجنة التنفيذية للقبول والتسجيل واللجنة العليا للحالات الطلابية.
7- تحديث لوائح القبول والتسجيل والإمتحانات والطباعة السنوية لها فى كتيب يوزع للطلاب وجميع الجهات المختصة.
(د)  قسم الإحصاء والمعلومات
1- الإشراف المركزى على كل المعلومات الاجتماعية والاكاديمية والمالية لجميع طلاب الجامعة والمبينة فى استمارتى التسجيل والرسوم الدراسية.
2- توفير ماهو مطلوب من إحصائيات عن أنواع القبول ، أنواع الشهادات ، الرسوم الدراسية ورسوم التسجيل ، الوضع الأكاديمى والاجتماعى للطلاب وغير ذلك مما يمكن من التخطيط السليم.
3- العمل على حوسبة جميع مهام القبول بعد السنة الأولى والتحويل والتجميد والتسجيل.
4- إجراء الدراسات التحليلية بالإستفادة من ماهو متاح من معلومات أكاديمية وإجتماعية ومالية للطلاب

يختص بمهمة الإشراف على الامتحانات بالجامعة وتحضير واعتماد الشهادات العلمية والفخرية والجـوائز، وإعداد شهادات التخرج وتسليمها فى حفل دأبت الجامعة على إقامته سنوياً.

    يختص بالمهام الآتية: إعداد قاعدة بيانات لطلاب الجامعة وخريجيها وتحديثها. إصدار دليل الجامعة السنوي.تصميم موقع الجامعة الإلكتروني بالتنسيق مع إدارة وتقانة شبكة المعلومات.تحرير موقع الجامعة الإلكتروني وتحديث معلومات الصفحة والمحتوى ارقمي بصورة دورية تواكب ما يطرأ من مستجدات في كليات ووحدات الجامعة المختلفة. توفير المعلومات اللازمة في تقيم مستوى الجامعة حسب المعايير العالمية. الشراف على النشر الإلكتروني بالجامعة مع التنسيق مع إدارة تقانة وشبكة المعلومات.

Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Vestibulum tortor quam, feugiat vitae, ultricies eget, tempor sit amet, ante. Donec eu libero sit amet quam egestas semper. Aenean ultricies mi vitae est. Mauris placerat eleifend leo.

Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Vestibulum tortor quam, feugiat vitae, ultricies eget, tempor sit amet, ante. Donec eu libero sit amet quam egestas semper. Aenean ultricies mi vitae est. Mauris placerat eleifend leo.