يتكون الهيكل الإدارى لأمانة الشؤون العلمية من  إدارتين  وثلاثة  أقسام، على رأس  كل  إدارة  مدير  مسئول  لدى أمين  الشؤون العلمية، وعلى رأس كل قسم مساعد  لأمين الشؤون العلمية

تكون للأمانة المهام والاختصاصات الاتية :
1- تنظيم أعمال مجلس الاساتذة وأى لجان منبثقة عنه ،و متابعة تنفيذ توصياتها وقراراتها
2- الإشراف على أعمال لجنة ترقيات أعضاء هيئة التدريس
3- ضبط اللوائح الأكاديمية ونشرها ومتابعة تنفيذها
4- الإشراف على قبول الطلاب وتسجيلهم بالتنسيق مع الإدارة العامة للقبول بوزارة التعليم العالى والبحث العلمى
5- الإشراف على الدورات التدريبية لأعضاء هيئة التدريس والتدريب بعد الدكتوراة
6- إعداد ونشر دليل الجامعة سنويا
7- حفظ وثائق الأمتحانات واستخراج الشهادات الجامعية وتوثيقها
8- الإشراف على إعداد إحتفالات توزيع الدرجات العلمية والفخرية وتنفيذها بالتعاون مع المجمعات .
9- الإشراف على تعيين مساعدى التدريس .
10- الإشراف على تأهيل مساعدى التدريس والمحاضرين وتدريبهم .
11- رصد العبء التدريسى للأقسام المختلفة وتحديده .
12- الإشراف على النشر الإلكترونى بالجامعة بالتنسيق مع إدارة تقانة وشبكة المعلومات .
13- الإشراف على الامتحانات وتحديد متطلباتها على مستوى الجامعه .